Prezident republiky uděluje Medaili Za zásluhy osobám, které se zasloužily o stát nebo územní samosprávný celek v oblasti hospodářské, vědy, techniky, kultury, umění, sportu, výchovy a školství, obrany, bezpečnosti státu a občanů. Medaile Za zásluhy má tři stupně, z nichž první je nejvyšší.
Při udělení číslované medaile se zároveň s ní odevzdá vyznamenanému číslovaná listina. Po úmrtí osoby vyznamenané Medailí Za zásluhy zůstávají insignie vyznamenání a listiny o udělení vyznamenání pozůstalým. Není-li pozůstalých, vracejí se Kanceláři prezidenta republiky.
Věci Medaile Za zásluhy spravuje Kancelář prezidenta republiky.
Předchůdkyní Medaile Za zásluhy České republiky byla její obdoba v době České a Slovenské Federativní Republiky.
Výtvarným autorem medaile je Jiří Harcuba.
Medaile Za zásluhy I. stupně, avers a revers, ČSFR
Medaile Za zásluhy má průměr 33 mm. Na lícové straně medaile je symbolické znázornění zásluh o republiku a opis "ZA ZÁSLUHY". Na rubu je velký státní znak České republiky. I. stupeň medaile je ražen ze stříbra a pozlacen, II. stupeň je ražen ze stříbra a III. stupeň je ražen z bronzu. Medaile se nosí na 38 mm široké žluté náprsní průvlečné stuze; podle stupňů s jedním, dvěma nebo třemi fialovými proužky.
Líc a rub I. stupně Medaile Za zásluhy.
Medaili Za zásluhy je oprávněn nosit pouze vyznamenaný. Podle zákona, jehož ustanovení je závazné pro české občany a měli by se jím řídit také cizinci pobývající na území České republiky, následuje Medaile Za zásluhy při nošení Řád Bílého lva, Řád Tomáše Garrigua Masaryka, československé řády, zahraničními řády v pořadí podle tříd a pořadí, v jakém byly uděleny a Medaili Za hrdinství. Za Medailí Za zásluhy jsou nošeny československé kříže, medaile a další dekorace, zahraniční kříže, medaile a další dekorace podle stupňů a pořadí, v jakém byly uděleny. Dále mohou následovat resortní vyznamenání a pamětní medaile.
Medaile "in natura" nebo stužka se nosí na levé straně prsou. Při slavnostních příležitostech se medaile nosí "in natura". Na občanském oděvu se může nosit na levé klopě úzká průvlečná stužka o šířce 8 mm v klopové dírce.
Z tradice plyne, že i na občanském oděvu se při vhodných příležitostech, například při oslavě státního svátku, mohou nosit medaile „in natura“. Vhodné naopak není nosit na občanském oděvu stužku určenou pro vycházkové a služební stejnokroje. Český právní řád nezná možnost nosit medaile ve zmenšené podobě (miniatury), například na smokingu.